Jan Lipavský je od prosince 2021 ministr zahraničních věcí. Od roku 2017 do roku 2021 byl poslancem Poslanecké Sněmovny Parlamentu ČR. Přestal býti členem Pirátů v roce 2024.
Jako poslanec Poslanecké sněmovny zastával pozici místopředsedy Zahraničního výboru, místopředsedy Výboru pro obranu, dále byl členem Podvýboru pro obrannou, kybernetickou a bezpečnostní politiku a strategickou koncepci ČR a členem Podvýboru pro migraci a azylovou politiku. Také byl součástí stálé komise pro kontrolu činnosti Vojenského zpravodajství.
Je autorem české podoby tzv. Magnitského zákona, který umožňuje uvalení sankcí vůči zahraničním společnostem a cizincům, kteří se dopustili závažných protiprávních jednání. V listopadu 2022 převzal Magnitského cenu za přínos k ochraně lidských práv.