Mikuláš Peksa byl českým poslancem Evropského parlamentu. Působil ve Výboru pro průmysl, výzkum a energetiku (ITRE), pro rozpočtovou kontrolu (CONT), hospodářském a měnovém výboru (ECON) i ve zvláštním výboru pro pandemii covid-19 (COVI).
V roli europoslance kladl důraz na evropskou ekonomiku s ohledem na udržitelnost a ekologii i energetickou modernizaci. Zasazuje se o technologický růst a inovace v Evropě, rozvoj umělé inteligence.
Usiluje o posílení EU a její diplomatickou jednotnost. Vystupuje proti monopolizaci nadnárodních korporátů i proti autoritářským režimům a oligarchům.
Při svém působení ve výboru pro rozpočtovou kontrolu sesbíral spolu s ostatními členy důkazy o zásadních chybách systému a o střetu zájmů Andreje Babiše. V důsledku jejich šetření se situací zabýval Evropský parlament.
Podařilo se mu získat podporu pro úspornější chod europarlamentu a prosadit závazek o zajištění užívání open source softwaru.
Mezi lety 2017 a 2019 byl poslancem za Pirátskou stranu. Po zvolení do Evropského parlamentu rezignoval na funkci poslance ČR. V roce 2019 byl zvolen také předsedou Evropské pirátské strany, kde byl v roce 2021 znovuzvolen.
V neposlední řadě se snaží protlačit transparentní nakládání s veřejnými rozpočty.